Идея проекта «Заповедное ожерелье Байкала» впервые прозвучала в 2000 году на семинаре сотрудников ООПТ Байкальского региона, организованном Байкальским заповедником. Он стал первым опытом системного подхода к организации познавательного туризма. Заповедные территории выступают в этой стратегии проводниками знаний о природе, ключевыми организаторами туристических маршрутов, выполняющих просветительскую функцию.
Благодаря программе ПРООН-ГЭФ «Комплексное управление природными ресурсами трансграничной экосистемы бассейна озера Байкал» был разработан медийный проект «Заповедное ожерелье Байкала». Он создан при поддержке Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации с целью распространения лучшего опыта по реализации и развитию проектов познавательного туризма на заповедных территориях, для вовлечения местных сообществ, информирования и привлечения туристов.
В 2015 году в рамках работы проекта ПРООН-ГЭФ был созданы документальные фильмы
«Заповедное ожерелье Байкала», «Байкал заповедный», видеоролики о заповедниках, а также издан
журнал с описанием экологических маршрутов ООПТ.В «Заповедном ожерелье Байкала» Иркутскую область представляют Байкало-Ленский заповедник и Прибайкальский национальный парк; Республику Бурятия – Байкальский заповедник, Баргузинский заповедник, Джергинский заповедник, Тункинский национальный парк, Забайкальский национальный парк и федеральные заказники «Алтачейский», «Кабанский» и «Фролихинский». Забайкальский край представлен Сохондинским, Даурским заповедниками и национальным парком «Алханай».