Орнитофауна насчитывает 263 вида, в том числе в Красную книгу Республики Бурятия (2013) включено 59 видов, в Красную книгу Российской Федерации (Перечень…, 2020) — 30 видов.
В период миграций на территории Кабанского заказника и дельты Селенги встречаются черный аист, малый лебедь, шилоклювка, ходулочник, дальневосточный кроншнеп. Здесь гнездятся кряква, шилохвость, широконоска, красноголовая чернеть, краснокнижные орлан-белохвост и азиатский бекасовидный веретенник. Колониальные поселения образуют серебристая и озерная чайки, чеграва, крачки, поганки, серая цапля, большой баклан. В дельте Селенги большой баклан ранее не гнездился, но встречались осенние скопления. В 2006 году этот вид вновь появился на Малом Море, после чего его численность резко пошла вверх. В 2013 году впервые отмечено гнездование большого баклана в дельте Селенги. По результатам учета колониальных видов птиц в дельте р. Селенга в 2017 году колония большого баклана насчитывала порядка 3000 гнезд, по итогам весенних учетных работ колониальных видов птиц в 2018 году, на колонии отмечено около 6000 гнезд, по данным учета 2019 года здесь отмечено 5400 жилых гнезд.
Вызывает беспокойство судьба колонии чегравы в Кабанском заказнике – самая крупная из крачек, внесена в Красные Книги Российской Федерации (Перечень…, 2020) и Республики Бурятия (2013). В 2013-2019 гг. в Кабанском заказнике гнездились от 500 до 1000 чеграв в одной колонии. Гнезда эти птицы располагают на открытом месте, близко к воде, колонию видно издалека, поэтому колонии чегравы очень чувствительны к изменению уровня воды, хищничеству лис и барсуков, воздействию человека. С 2020 г. из-за изменения уровня воды в оз. Байкал почти полностью затапливает песчаную косу «Каргу» – место, где ежегодно гнездилась колония этого редкого вида. В результате второй год подряд чеграва не гнездится на территории Кабанского заказника.
Ихтиофауна заказника представлена 28 видами рыб, в том числе: сибирская плотва, речной окунь, сибирский язь, обыкновенная щука, налим, амурский гольян, речной гольян, озерный гольян, лещ, амурский сом, сибирский голец, золотистый карась, серебряный карась, сибирский хариус, белый байкальский хариус, сибирский елец, амурский сазан, сибирская шиповка, ротан-головешка, песчаная широколобка, каменная широколобка, бычок желтокрылка, байкальский омуль, сибирский пескарь, речной сиг. Встречаются также и редкие виды осетр байкальский, таймень и ленок.
Земноводные представлены 4 видами (остромордая лягушка, сибирская лягушка, монгольская жаба и дальневосточная квакша), 2 из которых занесены в Красную книгу Республики Бурятия (2013) (остромордая лягушка и дальневосточная квакша).
Пресмыкающиеся представлены 2 видами – обыкновенный уж и живородящая ящерица.