Заповедный край невозможно представить без порхающих над цветами бабочек, завораживающих своей неповторимой красотой, непосед шмелей, опыляющих растения, пауков с их ловчими сетями. Наиболее богато жизнь воплотилась в этих маленьких вездесущих беспозвоночных животных.
Небольшие водоемы, старицы и пруды богаты растительностью, водорослями, что благоприятно для поселения водных беспозвоночных. Здесь кишат небольшие рачки и червячки, проносятся жуки, клопы, проползают улитки, скрадывают свою добычу личинки стрекоз: поденок, ручейников, двукрылых. Над водоёмами с раннего утра и до заката снуют легкокрылые стрекозы с экзотическими названиями: стрелка, красотка, лютка, коромысло, а в тенистых местах среди травы нашли приют улитки и слизни. На лугах обычны голубянки, крапивницы, чернушки, неугомонные кузнечики. В травяных джунглях лугов, степей обитает бесчисленное множество беспозвоночных, незаметных на первый взгляд. Клопы, цикады, тли высасывают из растений соки, саранчовые, листоеды, гусеницы – обгрызают их. Среди бабочек есть виды, занесенные в Красную книгу Российской Федерации (2020) – 1 вид – обыкновенный аполлон, и Красную книгу Республики Бурятия (2013) – 5 видов, такие, как обыкновенный аполлон, аполлон восточно-сибирский, аполлон Эверсманна, совковидка Тамануки, переливница большая.
С наступлением сумерек и до рассвета собираются у источников света многочисленные представители совок, хохлаток, изящных пядениц.
Под пологом леса встречаются бражники и медведицы. В кронах деревьев насекомые могут объедать листья (личинки листоедов, пилильщиков, бабочек), или свертывать их в трубочки (трубковерты), высасывать из них соки (тли) или питаться внутри листьев (минеры). Из опасных вредителей древостоя встречаются сибирский шелкопряд, ивовая волнянка, непарный шелкопряд, массовое размножение которых может привести к частичному или полному усыханию лесных массивов. Нет такой части дерева, которой бы не питались насекомые. Стволовые насекомые – короеды, усачи, златки, долгоносики, рогохвосты – обычно заселяют ослабленные по каким-либо причинам деревья и завершают процесс усыхания. Численность растительноядных беспозвоночных животных сдерживают хищные. Особенно полезны божьи коровки, златоглазки и пауки.
В подстилке и почве живут и развиваются представители различных групп беспозвоночных: жужелицы, стафилины, муравьиные львы, паукообразные, светляки, пилюльщики, проволочники, чернотелки, хрущи, корнежилы, долгоносики, уховертки, прыгунчики, клопы, мокрицы, многоножки, ногохвостки, черви и моллюски. Примерно 90% биомассы всех наземных организмов сосредоточено в почве. Гниющая органика перерабатывается микроорганизмами и беспозвоночными, превращаясь в пищу для растений. Подавляющее число их питается детритом, но многие группы относятся к хищникам, а некоторые питаются соком корней растений. Почвенные простейшие населяют пленку воды вокруг минеральных частиц, нематоды, клещики и ногохвостки используют скважины в почве, а более крупные черви, насекомые и их личинки активно прокладывают ходы с помощью различных приспособлений. Кроме общеизвестных опылителей, таких как пчелы и шмели, неоценимую пользу цветковым растениям приносят мухи-журчалки, львинки, бабочки, наездники и другие, посещающие цветы и активно опыляющие их. В то же время многие жуки объедают цветы и завязи, принося урон растениям. Это блестянки, малинные жуки, горбатки, бронзовки и другие. Роль насекомых в утилизации растительных и животных остатков огромна. Первыми всегда прилетают разнообразные мухи, за ними следом появляется целый комплекс жуков из различных семейств: навозников, стафилин, карапузиков, мертвоедов, пестряков, блестянок, кожеедов. Насекомые и их личинки разрушают и перерабатывают субстрат. Трудяги муравьи сооружают на полянах в лесу, на болоте и даже в тундре пёстрые холмики-муравейники, иногда достигающие метровой высоты. Часто над водоёмом можно наблюдать массовое скопление комаров. Кружится, звенит, изгибаясь, столб кровожадных существ, а затем распадается на отдельных особей.
К настоящему времени фауна беспозвоночных животных насчитывает более 1700 видов, в том числе 27 отрядов и 182 семейства.
Конечно, это далеко не полные сведения, которые дают лишь весьма приблизительное представление о видовом разнообразии одного только класса насекомых. За время существования заповедника вспышек массового размножения вредных насекомых практически не было, за исключением возникновения локальных вспышек численности лугового мотылька, пяденицы берёзолистной, ивовой волнянки, непарного шелкопряда и некоторых видов усачей. Существенного вреда растительным ресурсам заповедника при этом нанесено не было.