Наряду с охраной заповедных территорий и их изучением, познавательный туризм является важным направлением работы Байкальского заповедника. Основные объекты туристской инфраструктуры находятся за пределами заповедной территории. С целью минимизации антропогенного воздействия на экосистемы порядок посещения территорий заповедника строго регламентирован, для посетителей установлены специальные правила поведения на охраняемых территориях.

Заповедник реализует долгосрочную комплексную программу развития познавательного экологического туризма. В её рамках созданы объекты, позволяющие на самом высоком уровне, профессионально знакомить гостей с уникальной природой Байкала.

В 2017 году на берегу озера открыт визит-центр «Байкал заповедный» – современный информационный и познавательный туристский комплекс, эффективная площадка для распространения экологической культуры и экопросвещения. Здесь действуют интерактивные экспозиции, реализуются разнообразные просветительские программы. Визит-центр знакомит посетителей не только с историей заповедника и основными направлениями его деятельности, но и со всей системой особо охраняемых природных территорий Байкальского региона.

В пределах Центральной усадьбы заповедника расположены визитно-информационный центр «Мелодия рассвета», информационно-экспозиционный центр «Натуралист на Байкале», экспозиция под открытым небом «Байкал на ладони», Этнографический городок «Природоохранные традиции народов Забайкалья», «Птичьи столовые». В Музее природы проводятся экскурсии, интерактивные программы, «Живые уроки».

Важной формой эколого-просветительской работы является проведение научно-познавательных экскурсий. Заповедником разработаны 22 маршрута, оборудованных экологическими тропами. Общая протяженность троп – 93,6 км. В заповеднике создана инфраструктура экологического паратуризма, которая является уникальной для Байкальского региона.

В рамках программы «Доступная среда» построена тропа с широким деревянным настилом длиной 2,6 км (участки «Кедровая аллея», «Верховое болото»). Сотрудники Байкальского заповедника проводят экскурсии для людей с ограниченными возможностями. «Путь к Байкалу» — продолжение имеющейся сети экотроп. Пешеходная настильная экологическая тропа протяжённостью 3,8 км открыта в 2019 году. Новый маршрут объединяет туристические объекты Центральной усадьбы и расположенный на берегу озера комплекс «Байкал заповедный». Тропа с деревянным настилом пользуется популярностью гостей Танхоя и местных жителей.

Объектом познавательного туризма является станция кольцевания птиц «Байкальская», расположенная в 30 км от Центральной усадьбы заповедника.

В заповеднике создана инфраструктура размещения туристов: эколого-туристические комплексы «Омулевый», «Речка Мишиха», «Речка Выдринная», гостевой комплекс «Окнами на Байкал», гостевой дом в п.Танхой.

В заказник «Кабанский» разработан эколого-познавательный тур «Птичье царство», созданы объекты туристской инфраструктуры: экологические тропы, наблюдательные вышки, места для проживания. В заказнике «Алтачейский», где осенне-зимний период можно увидеть многочисленных животных, особенно копытных, реализуются программы наблюдений за дикими животными.